Diskussionen und Entscheidungen auf europäischer Ebene zu gesundheitspolitischen Fragen nehmen ständig zu und werden immer wichtiger. Die Europäische Kommission und das Europäische Parlament bauen – in allen Politikbereichen - ihren Einfluss aus.

Innerhalb der Union sind die  Mitgliedstaaten zuständig für die Festlegung ihrer Gesundheitspolitik, die Organisation des Gesundheitswesens und die medizinisch Versorgung. Dabei haben sie jedoch den freien Warenverkehr als eine der Grundfreiheiten der EU zu berücksichtigen und werden auf die Einhaltung von Verfahren überprüft, z. B. ob sie bei  Maßnahmen zur Preisfestsetzung und Erstattungsfähigkeit keine nationalen Handelshemmnisse aufbauen und dadurch Unternehmen im freien Warenverkehr beeinträchtigen. Interessenkonflikte zwischen wirtschaftspolitischen und gesundheitspolitischen Interessen dürfen nach Auffassung des IKK e.V. nicht zulasten der nationalen Gesundheitssysteme gelöst werden. Deshalb gilt es, die Entwicklung sorgfältig zu beobachten. Auch nimmt Deutschland mit seinem System der selbstverwalteten Krankenversicherung innerhalb der europäischen Gesundheitssysteme eine Sonderstellung ein.

Der IKK e.V. ist auf europäischer Ebene Mitglied in der „Association Internationale de la Mutualite-AIM“ und in der „European Social Insurance Platform-ESIP“; innerhalb der AIM hat er  die Federführung in der Expertenguppe „Arzneimittel und Medizinprodukte“ inne. AIM und ESIP bringen die Anliegen der Sozialen Krankenversicherungen und der Bundesverbände der Krankenkassen in Gesprächen und Stellungnahmen zu allen wichtigen aktuellen gesundheitspolitischen Themen auf europäischer Ebene ein.