Die Innungskrankenkassen blicken auf eine lange Historie zurück. Ihre Wurzeln reichen bis ins Mittelalter. Damals schlossen sich Handwerker zu Gilden und Zünften zusammen, um sich gegenseitig zu unterstützen. Die Idee der Solidarität im Handwerk war geboren. Zu den Hilfeleistungen der Gilden und Zünfte gehörten auch soziale Leistungen, wie etwa die Unterstützung im Krankheitsfalle. Zuständig hierfür waren die so genannten Krankenladen und -kassen, die der eigentliche Ursprung der heutigen Innungskrankenkassen sind.

Im Zuge seiner Sozialgesetzgebung führte 1883 der deutsche Reichskanzler Otto von Bismarck die allgemeine Krankenversicherung ein. Damit wurden die Innungskrankenkassen zu Trägern der gesetzlichen Krankenversicherung. Fünf Jahre nach der Einführung der gesetzlichen Krankenversicherung waren bereits 55.400 Handwerker in 401 Innungskrankenkassen versichert. Bis zur Jahrhundertwende verdreifachte sich die Zahl der Mitglieder auf 160.000 Versicherte in rund 610 Innungskrankenkassen.

Bei Ausbruch des Ersten Weltkriegs waren bereits 950 Innungskrankenkassen gegründet, die rund 390.000 Menschen versicherten. Im Laufe des Krieges verloren sie fast 45 Prozent ihrer Mitglieder. Während der Zeit der Weimarer Republik schlossen sich viele Innungskrankenkassen zusammen, um ihre Kräfte zu bündeln. Auch die Politik wünschte sich große Solidargemeinschaften, an der eine möglichst breite Masse der Bevölkerung teilhaben sollte. Die neuen Innungskrankenkassen waren tatsächlich auch leistungsfähiger und effizienter. Sie traten in gesundheitspolitischen Fragen selbstbewusster auf und konnten ihre Interessen nachhaltiger vertreten als die kleinen Innungskrankenkassen zuvor.

Nach der Machtübernahme durch die Nationalsozialisten entwickelten sich die Krankenkassen allgemein zu weisungsgebundenen Ausführungsorganen ohne größere gesundheitspolitische Gestaltungsspielräume – das „Führerprinzip“ war auch bei den Kassen allgegenwärtig. Da ursprüngliche Gemeinschaftsaufgaben, zu der auch die Krankenversicherung zählte, nun von den Landesversicherungsämtern übernommen wurden, gab es für die einzelnen Kassen kaum noch die Möglichkeit, durch besondere Einrichtungen oder Leistungsangebote ein eigenes Profil zu entwickeln.

Nach dem Zweiten Weltkrieg standen auch die Innungskrankenkassen vor einem Neubeginn. Dieser sah je nach Besatzungszone verschieden aus, da die Regierungsgewalt zunächst in den Händen der alliierten Besatzungsmächte lag und wichtige politische Entscheidungen, auch im Bereich Sozialpolitik, von ihnen getroffen wurden.

In der sowjetischen Besatzungszone, aus der 1949 die DDR hervorging, wurde die Tradition der Innungskrankenkassen nicht weitergeführt. Schon 1947 wurde die Einheitsversicherung eingeführt, welche alle anderen Formen der Sozialversicherung ersetzte. Für das Handwerk, das ohnehin stark von tief greifenden sozialistischen Reformen betroffen war, bedeutete dies einen weiteren Identitätsverlust.

In den drei Westzonen wurde die soziale Marktwirtschaft eingeführt, in der gerade die Krankenversicherung zu einer der tragenden Säulen bestimmt wurde. Wie diese allerdings ausgestaltet werden sollte, war zunächst höchst umstritten. Schließlich entschied man sich aber für das Modell der gegliederten Sozialversicherung. Das so genannte Selbstverwaltungsgesetz wurde 1951 verabschiedet. Es war ein entscheidender Schritt für die Krankenversicherungen: Es ersetzte das Staats- durch das Selbstverwaltungsprinzip und regelte damit die in Grundsätzen bis heute gültige Struktur des GKV-Systems.

In den folgenden zwei Jahrzehnten verzeichnete die Bundesrepublik ein starkes wirtschaftliches Wachstum, was es ermöglichte, die sozialen Leistungen – insbesondere die der gesetzlichen Krankenversicherung – erheblich zu erweitern. Dabei waren es gerade die Innungskrankenkassen, die neue Ansätze wie Prävention und Prophylaxe in ihren Leistungskatalog aufnahmen und damit einen hohen Innovationsgeist zeigten. In der Zeit des Wirtschaftswunders blühten die Innungskrankenkassen auf und verzeichneten stetig steigende Mitgliederzahlen: 1961 wurde erstmals die Millionengrenze überschritten.

Ab Mitte der siebziger Jahre, als sich die wirtschaftliche Situation konsolidierte, zeigte sich, dass es immer schwieriger wurde, die ständige Ausdehnung des Leistungskataloges der Krankenkassen zu finanzieren. Diese Entwicklung führte im Folgenden zu einem Fokus des Gesetzgebers auf Kostendämpfungsmaßnahmen.

In den neunziger Jahren erweiterten die Innungskrankenkassen sowohl ihren Versichertenkreis als auch ihr Leistungsspektrum: Waren die Innungskrankenkassen zunächst nur auf Versicherte aus dem handwerklichen und gewerblichen Bereich beschränkt, wurden immer weitere Personengruppen einbezogen – ohne aber die Bedürfnisse der Kernzielgruppen, die Handwerker und die Mittelständler, aus den Augen zu verlieren. Das Leistungsspektrum passte sich entsprechend der medizinischen Entwicklung den gesellschaftlichen Erfordernissen und wirtschaftlichen Möglichkeiten an.

Nach der Wiedervereinigung am 3. Oktober 1990 galten die bundesdeutschen Strukturen des Gesundheitssystems auch in der DDR. Im Einigungsvertrag wurde geregelt, dass das Kassensystem der Bundesrepublik von den neuen Bundesländern übernommen wurde. Der erste Antrag zur Gründung einer Innungskrankasse auf ostdeutschem Boden erfolgte bereits im August 1990 durch die Innung der Potsdamer Friseure. Bis Ende des Jahres sollten noch 16 Innungskrankenkassen in den neuen Bundesländern folgen.